Uno de los más antiguos de la ciudad, llamado en su origen de San Francisco.

El Obispo de Osma D. Juan Arias del Villar edificó la actual iglesia del convento a finales del s.XV, después de que el Papa Inocencio IV autorizara la instalación de las Clarisas en Valladolid.

Iglesia en piedra con puerta de entrada lateral, de planta rectangular con contrafuertes góticos y coros, donados por el Obispo de Venezuela D. Gonzalo de Angulo en el s.XVII para su enterramiento. La espadaña está situada a los pies y está flanqueada por pináculos. Hacia mitad del s.XVIII fue remodelada, posiblemente por Matías Machuca, quien le añadió tres tramos de bóvedas de yesería barrocas.

Patrimonio artístico

- Retablo Mayor .-

Data de 1730, todo él obra de Pedro de Correas, consta de banco, cuerpo y ático. La imagen central es de Sta Clara, s.XVI, a ambos lados se encuentran Sto Domingo y S. Francisco.

- Capilla Mayor .-

Lugar de enterramiento de la familia Boninseni, que adquirió su patronato en 1525.

Yacen en ella 3 miembros de la familia: El de doña Isabel, en alabastro, con figura yacente sobre almohada, y con la siguiente inscripción:"Aquí yaze la ilustre doña Isabel Boninseni y de Nava".
Los de don Pedro y don Juan, también en alabastro, con manos en espada y rosario, completan la capilla.
Todos son de finales del s.XVI.