Fundado hacia 1256. Es el segundo más antiguo de la ciudad, tras el de Las Huelgas Reales. Antes de llegar a principios del s.XVI a su actual emplazamiento, recorrió, como era entonces habitual, varias casas. El edificio, construido entre 1620 y 1632, es obra de Fco. de Praves, una vez que dejó de depender de San Benito el Real.

La iglesia es grande de una sola nave y crucero con cúpula. Gran coro bajo a los pies, tras la reja de clausura, sustituto de otro destruido tras la inundación del Pisuerga de 1636. En el coro podemos observar dos retablos de 1744 con bustos de La Dolorosa y Ecce Homo. La sillería del coro es de nogal. Espadaña a los pies del coro.

A la derecha del coro se puede observar una tribuna alta cubierta con celosía para uso de los reyes, la cual estaba unida mediante un pasadizo con el cercano Palacio Real y el de la Ribera en la Huerta del Rey.

Patrimonio artístico

- Retablo Mayor .-

Del s.XVII, en madera dorada policromada de un cuerpo y con ático de medio punto. Hornacina central con escultura de San Bernardo y a los flancos esculturas de Sta Escolástica y de San Benito, posibles obras de Juan de Avila, encuadradas entre columnas salomónicas.

- Retablo del Evangelio .-

De idéntica estructura que el Retablo Mayor, es obra de Blas Martínez de Obregón, con esculturas de la Virgen y San Juan, atribuidas a Juan Antonio de la Peña, s.XIV.

- Calvario .-

Gótico del primer cuarto del s.XIV, procedente de la primitiva fundación.

En clausura se encuentra San Bernardo de rodillas de Gregorio Fernández.